கோத்ரா ரயில் எரிப்பு, அதைத் தொடர்ந்து நடந்த கலவரங்கள் குறித்த விவாதங்கள் நடந்து கொண்டிருக்கும் வேளையில், உச்ச நீதிமன்றத்தின் சமீபத்திய உத்தரவுகள், நானாவதி – ஷா கமிஷன் அறிக்கையின் “ராம சேவகர்கள் எதிர்வினையாற்றவில்லை” என்பதை ஆமோதித்துள்ளது தெரியவந்துள்ளது. தாக்கல் செய்யப்பட்ட நானாவதி – ஷா ஆணையத்தின் அறிக்கையில், “கோத்ராவில் நடந்த வன்முறை சம்பவத்திற்கு வழிவகுத்த எந்தச் சம்பவமும் அதற்கு முன் நடைபெறவில்லை” என்று கூறியது. மேலும், 2002ல் சபர்மதி எக்ஸ்பிரஸில் பயணம் செய்த ஓய்வுபெற்ற ராணுவ வீரர்களான ராம்நரேஷ் குப்தா மற்றும் ராதே ஷ்யாம் மிஸ்ரா உட்பட நேரில் கண்ட சாட்சிகளையும் அது மேற்கோள் காட்டியது. அதில் “கரசேவகர்களின் அயோத்தியில் இருந்து கோத்ரா வரையிலான ரயிலின் பயணம் எந்த பிரச்சனையும் இல்லை. வன்முறை கும்பல் கோத்ரா ரயில் நிலையத்தில் வாட்கள், இரும்புக் கம்பிகள் போன்ற ஆயுதங்களை ஏந்தி, அனைவரையும் எரித்து விடு என்று கத்தினர். அதற்கு கரசேவகர்கள் எவ்வித எதிர்வினையும் ஆற்றவில்லை” என தெரிவித்திருந்ததையும் பதிவு செய்துள்ளது. மேலும், இரு தரப்புக்கும் சண்டை ஏற்பட்டதாக ஜமைத் இ உலம்மா ஹிந்த் கூறியதில் எந்த ஆதாரமும் இல்லை. கோத்ரா ரயில் நிலையத்தில் நடந்த தீவைப்பு சம்பவம், சில தனி நபர்களின் முன்கூட்டியே செய்த சதி என்றும் தெரிவித்துள்ளது.